Im vergangenen Jahrhundert hat sich das Innere der müllheimer Kirche mehrmals wesentlich verändert. In der Festschrift „700 Jahre Kirche St. Verena“ gibt es eine Darstellung der Kirche um 1761. Wir wissen aber nicht aufgrund welcher Quellen die Skizze erstellt wurde. Man sieht darin die Treppe zum erhöhten Turmeingang (die Türe im Chor wurde erst 1902 ausgebrochen). Die Kanzel befindet sich im Chor.
Das älteste Bild des Inneren, das wir bis jetzt gefunden haben, stammt von einer Postkarte mit dem Stempel aus dem Jahr 1905.
Es war eine helle Kirche mit dem katholischen Altar vorne in der Mitte und der Kanzel an der Nordwand. Das Chorgestühl ist vorhanden, welches wie die Bänke der Kirche aus dunklem Holz gefertigt ist. Vorne Rechts an der Wand neben dem Chor ist an die Wand gemalt der Vers: „Selig sind, die Gottes Wort hören und bewahren“.
Bei der Renovation 1928 ist der Chor dunkelrot ausgemalt worden und die Decke des Kirchenschiffs wurde auch bemahlt. Der Vers vorne rechts an der Wand wurde geändert in: „Jesus Christus, gestern und heute, und derselbe auch in Ewigkeit.“
Im Chor hielten zwei Heiligenstatuen Einzug. Die Altarbilder und die Heiligenstatuen sind heute im Besitz der katholischen Kirchgemeinde Müllheim.
Folgende Bilder wurden vor der Innenrenovation von 1978 gemacht:
Nachdem die katholischen Müllheimer auf dem Storenberg eine eigene Kirche gebaut hatten, wurde die Kirche 1978 erneuert. Das Resultat war ein schlichter, heller und freundlicher Kirchenraum:
Die Bänke wurden ersetzt, die Beleuchtung modernisiert, die Farbe bis auf den Kalkverputz entfernt. Ein neuer Taufstein wurde nach einem Modell von 1902 angefertigt und der Chor ganz neu gestaltet, indem der Altar und das Chorgestühl entfernt wurde. Die Kanzel wurde versetzt und einige Gegenstände für die jetzt ganz evangelische Kirche neu geschaffen: Der Abendmahlstisch und der dreiarmige Kerzenständer. Später kam noch das Kreuz zuvorderst an der Ostwand dazu, auf dem in Holzschnitzarbeit die Symbole der vier Evangelisten als geflügelte Wesen mit einem Buch abgebildet sind.
Heute sieht es so aus:
Geschichte von Müllheim 
